Кого добавила в друзья и на кого подписалась Алина Галивонджян. Новые подписчики.

Для оперативного получения новой информации добавьте эту страницу в закладки. (На компьютере Ctrl+D)

Статусы пользователя:

Открытые анкетные данные Галивонджян Алины:

Не так давно наши коллеги Дмитрий Сутормин и Алина Галивонджян опубликовали статью о специфичности топоизомеразы IV в E. coli.

В клетках живых организмов геномная ДНК существует в виде двойной спирали. Из-за спиральной структуры ДНК может существовать в виде многих топологических изомеров - например, спираль ДНК может быть недокручена, или наоборот, перекручена. У прокариот кольцевые ковалентно замкнутые молекулы ДНК могут сцепляться друг с другом и образовывать катенаны. Во всех живых клетках есть специальные ферменты, которые катализируют переходы между топологическими изомерами. Топоизомеразы принимают участие во многих процессах, связанных с ДНК, включая транскрипцию и репликацию. В ходе транскрипции топоизомеразы релаксируют участки с положительной и отрицательной сверхспирализацией, которые образуются позади и впереди элонгирующей РНК-полимеразы; в ходе репликации топоизомеразы также релаксируют суперспирализованную ДНК и разделяют катенаны. Но как эти ферменты распознают участки ДНК, на которых они активны? Есть ли у них специфичность к нуклеотидной последовательности?

Дмитрий Сутормин разработал весьма изящный метод (Topo-seq) детекции участков ДНК, на которых находятся активные топоизомеразы. В ходе каталитического цикла все топоизомеразы вносят разрывы в молекулы ДНК; покуда ДНК разорвана, ее концы ковалентно связаны с ферментом. Существуют вещества, которые стабилизируют топоизомеразы в этом состоянии. Все эти вещества очень токсичны для клеток, поскольку они приводят к формированию разрывов в ДНК. Среди этих веществ есть и лекарственные препараты - антибактериальные (фторхинолоны, ингибиторы бактериальной гиразы) и противоопухолевые вещества (камптотецин и этопозид, ингибиторы эукариотических топоизомеразы I и II). Если обработать клетку одним из таких веществ, то топоизомеразы окажутся ковалентно связанными с теми участками ДНК, которые они расщепили. Затем молекулы фермента, связанные с кусочками ДНК, можно извлечь из клетки и при помощи высокопроизводительного секвенирования определить последовательности связанной ДНК. Картировав последовательности на геном и проанализировав выравнивания, можно определить сайты расщепления ДНК с точностью до одного нуклеотида.

В недавней работе этот метод применили для определения сайтов посадки топоизомеразы IV - одной из топоизомераз бактерий E. coli. Ранее было известно, что этот фермент участвует в декатенации хромосом. Выяснилось, что сайты посадки топоизомеразы IV еще часто встречаются вблизи сайтов терминации транскрипции - вероятно, этот фермент участвует в релаксации суперскрученности, которая вызвана транскрибирующей РНК-полимеразой. Также активные сайты посадки топоизомеразы IV выявляются в так называемом dif сайте, в районе которого происходит декатенация хромосом, а также в районе ориджина репликации - вероятно, топоизомераза IV участвует не только в финале репликации, но и на самых ранних ее стадиях.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1160736/full

#сколтех #skoltech #cls
🧬 Дмитрий Сутормин, Алина Галивонджян, Ольга Мушарова, Дмитрий Травин и Константин Северинов недавно опубликовали работу "Interaction between transcribing RNA polymerase and topoisomerase I prevents R-loop formation in E. coli" в журнале Nature Communications.
📄 Полный текст статьи доступен по ссылке: https://www.nature.com/articles/s41467-022-32106-5

#сколтех #skoltech #cls
🧬 Дмитрий Сутормин, Алина Галивонджян, Ольга Мушарова, Дмитрий Травин и Константин Северинов опубликовали препринт "Interaction Between Transcribing RNA Polymerase and Topoisomerase I Prevents R-loop Formation in E. coli".

📌 Авторы работы показали, что в клетках кишечной палочки РНК-полимераза и топоизомераза I непосредственно взаимодействуют, причем топоизомераза I устраняет негативную сверхспирализацию ДНК, которая появляется в ходе транскрипции.
📄 Полный текст препринта доступен по ссылке: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465782v1

Посмотреть другого пользователя:
https://vk.com/id